Cette expression correspond à deux modes de cuisson: soit l'élément à cuire doit être enveloppé pour sa cuisson (mis en chemise), soit il doit être cuit sans être pelé, par exemple une gousse d'ail ou des pommes de terre dites «en chemise».

chemise (mettre en) loc. verb.
Enfermer une pièce à cuire dans une enveloppe pour l'empêcher de se dessécher pendant la cuisson et en garder tout l'arôme.
Caneton en chemise: enveloppé dans une serviette, puis poché. Larousse gastronomique (1984), p. 238.
Ce qui sert d'enveloppe varie selon les recettes: tranche de jambon, serviette, papier sulfurisé beurré, etc.