Bien que la prostatite soit une pathologie connue de longue date, son diagnostic et son traitement restent difficiles et souvent l'espoir d'une guérison totale et définitive est chimérique. En dehors de la prostatite aiguë où la culture urinaire permet généralement d'identifier la bactérie responsable, le meilleur test diagnostique consiste en un examen direct, suivi de la mise en culture du liquide prostatique obtenu après massage prostatique.

Le prélèvement urétral et la spermoculture peuvent également être utiles. Dans la prostatite chronique, la culture urinaire n'est pas contributive et la spermoculture souvent décevante.

Une échographie des voies urinaires sera pratiquée dans certains cas. L'échographie de la prostate ne sera faite que dans les cas de prostatites chroniques. 

Après 40 ans, il peut être utile d'écarter l'hypothèse d'un cancer de la prostate (les symptômes ne sont pas spécifiques), essentiellement en dosant l'antigène prostatique spécifique. Par contre, ce test n'est pas précis à 100 %. Le médecin évaluera sa pertinence pour vous.