Même en l'absence de symptômes, il est recommandé de traiter l'infection afin de diminuer sa propagation. Ainsi, un traitement à l'iodoquinol est efficace. Par contre, si l'entamebiase découverte s'accompagne de diarrhées, un traitement au métronidazole est plus approprié. Par ailleurs, l'Entamoeba dispar ne nécessite pas de traitement.