Les individus infectés par C. trachomatis sont souvent asymptomatiques. Et lorsque présents, les symptômes sont moins intenses que ceux d'autres MTS comme dans les infections gonococciques. Un écoulement vaginal, une sensation de brûlure en urinant (dysurie), des douleurs abdominales basses accompagnées parfois de fièvre et de frissons, des douleurs lors des relations sexuelles (dyspareunie), des saignements vaginaux peuvent faire partie des symptômes présentés par une femme infectée. Chez l'homme, on pourra retrouver un écoulement urétral, de la dysurie, des picotements au niveau de l'urètre, des douleurs et une enflure au niveau des testicules. Une infection anale entraînera des douleurs rectales, des saignements et des écoulements muco-purulents.
