La majorité des individus (80%) porteurs de lithiase sont asymptomatiques et bon nombre le demeurent toute leur vie.

Le calcul biliaire deviendra symptomatique s'il obstrue les voies biliaires et provoquera alors des nausées, des vomissements et une douleur abdominale intense de durée variable. La fièvre et les frissons, lorsque présents, sont indicatifs de complications.

Le calcul biliaire peut obstruer le canal cystique ou le canal cholédoque (dans lequel se jettent le canal cystique et le canal hépatique) et constituer une cholédocolithiase. Il peut gêner l'évacuation des sécrétions pancréatiques et provoquer une pancréatite; une obstruction prolongée peut favoriser une prolifération bactérienne et conduire à une cholangite (infection des voies biliaires)