La gastroscopie est le principal examen utilisé pour diagnostiquer la gastrite. On introduit un tube muni d'un appareil optique par la bouche du patient jusqu'à l'estomac, ce qui permet de voir directement l'étendue de l'inflammation. Il peut arriver que l'on fasse une biopsie en prélevant des tissus de la muqueuse afin de les examiner au microscope. Cet examen permet parfois de déterminer les causes de l'inflammation.