La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire. L'atteinte intestinale peut être diffuse, touchant tout l'intestin, ou ne toucher que des segments intestinaux. Le côlon est atteint dans 20% des cas, l'intestin grêle dans 30% des cas et les deux en dans 50% des cas. La présence d'ulcères le long de la paroi intestinale, des anses intestinales atteintes qui adhèrent entre elles, des fistules (communication) entre les anses touchées et qui peuvent s'étendre aux organes adjacents comme le côlon, la peau, le périnée, la vessie, le vagin et autres structures, sont autant de caractéristiques propres à cette maladie.