Le traitement est essentiellement chirurgical. En effet, tout polype colorectal doit être enlevé (polypectomie) et examiné au microscope (examen histologique). La voie d'accès chirurgicale est fonction de la localisation, du volume et du nombre de polypes en place.
La chirurgie peut être réalisée par voie endoscopique à l'aide d'une anse thermique ou de pince biopsique électro-chirurgicale ou, pour les polypes plus volumineux, avec une large base d'implantation ou encore, s'ils sont trop nombreux, par laparotomie («chirurgie à ciel ouvert») permettant, si nécessaire, la colectomie (résection d'une partie de l'intestin).
