Le syndrome débute le plus souvent au début de l'âge adulte et on estime que 15% de la population adulte en est atteinte. C'est donc une condition très fréquente. Malgré la présence de fréquents symptômes intestinaux, on ne met en évidence aucune maladie organique du tube digestif ni aucune cause précise. Il apparaît parfois après un épisode de diarrhées infectieuses.