Le SII se manifeste par des douleurs abdominales récurrentes, accompagnées de selles fréquentes et molles, et qui sont généralement soulagées par la défécation. Un ballonnement abdominal, la présence de mucus dans les selles et des troubles de la défécation, comme une sensation d'urgence pour aller à la selle, le besoin de forcer pour déféquer ou une sensation d'évacuation incomplète font aussi partie des symptômes mentionnés par les patients. Les selles sont habituellement normales le matin, mais les douleurs abdominales survenant durant la journée entraînent un changement dans la fréquence et la consistance des selles. Malgré le soulagement des douleurs après la défécation, celles-ci peuvent réapparaître après l'ingestion d'aliments riches en gras ou d'autres stimulants intestinaux tels le café. Les symptômes digestifs fonctionnels peuvent atteindre le tube digestif en entier, de la bouche à l'anus. En outre, chez le même patient, on pourra retrouver plusieurs différents symptômes.
