L'ulcère cornéen est le plus souvent associé à une infection de nature bactérienne (p. ex. staphylocoque, pseudomonas, pneumocoque), virale (kératite herpétique), fongique (champignon) ou parasitaire de la cornée. Outre l'infection, l'ulcère de la cornée peut être secondaire à un traumatisme ou à la présence d'un corps étranger dans la cornée. Il peut aussi accompagner certaines maladies auto-immunes et être favorisé par les états d'immunosuppression.

Des yeux secs comme dans le syndrome de Sjögren, les carences en vitamine A ou en protéines, des anomalies palpébrales (p. ex. entropion) qui exposent la cornée à l'air libre, le port de lentilles de contact durant la nuit sont autant de causes d'irritation de la cornée, d'abrasion, d'ulcération et conséquemment de surinfection.